La historia de esta parroquia es amplia y brillante como su cultura cuyo conocimiento es fundamental para entender quiénes somos, de dónde venimos y el rumbo hacia donde está dirigido nuestro esfuerzo, siendo la fórmula más acertada para entender nuestro presente y para encarar con valor nuestro futuro. La Parroquia el Edén y sus habitantes merecen incorporarse en la dinámica del Plan de Desarrollo del Buen Vivir, esta generación en la parroquia se ve obligada a aprovechar la era del conocimiento y el desarrollo tecnológico.
En el tramo del Río Tiputini que corresponde a la Comunidad El Edén antiguamente vivieron grupos de Záparos y Abijiras. Luego llegaron los Omaguas Yetes (guerreros) que huían de la esclavitud en el Río Suno”.
En el pequeño cerro Yuturi, donde vive actualmente la familia Machoa, se estableció hace más de 500 años el poblado Omagua que se extendía más allá del Yuturi. En esta zona se han encontrado restos de cerámica decorada como urnas funerarias, platos y hachas. Así la ribera del Napo estuvo poblada por la gran nación de los Omaguas, que procedían del Río Amazonas.
Los Omaguas pensaban que en la selva había un lugar donde todo era bueno, un paraíso y lo llamaban la tierra sin mal así caminaron por toda la selva buscándola. Como los Omaguas, los actuales pobladores de El Edén han buscado este lugar proveniente de diferentes lugares.
En este siglo, fue espacio de cacería de los Huaoranis llegando sus incursiones hasta la orilla del Napo donde hoy está el centro poblado de El Edén.
Parte de lo que hoy es el centro de la Comuna fue años atrás parte de la Hacienda de un señor Rodríguez y su casa estaba ubicada donde hoy está la casa de Abelardo Vargas. Dicen que Rodríguez abandonó estas tierras antes de la guerra del 41 con Perú debido al desgaste de las tierras azucareras y el mal pasto para el ganado. Con el patrón se fueron los indígenas de la hacienda.
Los militares ocuparon el territorio por diez años en la década de los 60´s y 70´s, después de lo cual se trasladaron a Huiririma y más tarde a Tiputini donde actualmente está el Batallón.
Nuevamente el territorio quedó abandonado y nadie se atrevía a hacer chacras por miedo a los Huaoranis que llegaban con frecuencia. Solo mucho más abajo enla bocana del Yuturi vivía don Bolívar Grefa.
El 10 de agosto de 1974 llegan Bartolo Papa, Diego Salazar y Abelardo Vargas desde el Tiputini, quince días después llega Domingo Tapuy desde Huiririma, un año más tarde Cesar Machoa desde Santa Rosa de Armenia y en 1978 Carlos Salazar desde la comunidad de Puerto Miranda. Dirigida por don Francisco Mejía terminara, a la muerte del mismo. También Dionisio Jipa, Gabriel Andi y Santiago Santi vivieron antes de 1974 en Pañacocha y desde allá llegaron cuando se formó la comuna El Edén. 1979 es un año clave para formar la comunidad, Abelardo Vargas y Santiago Santi visitan a todos los pobladores y van tomando conciencia de comunidad y comienzan a organizarse. Así en 1982 el IERAC entrega el certificado de tierras a la Comuna El Edén respetando la autolinderación realizada por la Comuna y en 1990 se le adjudica el Título de Propiedad Comunitaria”.
El 27 de marzo de 1979 en la casa de Bartolo Papa se elige el primer presidente a Santiago Santi.